Epidemiological Characterization of Patients in the First Eight Weeks Following Detection of SARS-CoV-2 B.1.1.529 (omicron) Variant in Cuba.

INTRODUCTION: In November 2021, omicron-a new SARS-CoV-2 variant-was identified in South Africa and almost immediately, WHO declared it a 'variant of concern'. In view of its rapid worldwide spread and its imminent introduction in Cuba, genomic surveillance was strengthened. OBJECTIVE: Describe cases during the first eight epidemiological weeks (epiweeks) of SARS-CoV-2 infection attributable to omicron variant in Cuba by clinical and epidemiological variables. METHODS: From epiweek 48, 2021 to epiweek 4, 2022, 288 nasopharyngeal swabs were processed for sequencing of a 1836 bp fragment of the S gene. Variants were identified according to GISAID database and confirmed by phylogenetic analysis. Variants' association with clinical and epidemiological outcomes was assessed. RESULTS: The first cases of omicron variant were imported, mostly from African countries and the United States. During the period studied, omicron was detected in 83.0% (239/288) of cases processed, while the delta variant was found in 17.0% (49/288). Most persons infected with omicron were symptomatic (63.2%; 151/239) and fully vaccinated (65.3%; 156/239); severe cases and deaths occurred mainly among patients aged ≥65 years (92.9%; 13/14), and 12 of these deaths occurred in fully vaccinated persons (92.3%; 12/13). Omicron spread rapidly throughout the country (from 10% of cases in epiweek 48, 2021, to 100% by epiweek 4, 2022), displacing the formerly predominant delta variant. CONCLUSIONS: Omicron's rapid expansion in Cuba was associated with increased incidence but not with a higher case fatality rate. The relatively milder disease in those infected with this variant could be influenced by the high vaccination coverage, along with the natural immunity acquired as a consequence of previous virus infection.

Evaluación del desempeño clínico del ensayo SUMASIGNAL VHC para la detección del ARN del virus de la hepatitis C

RESUMEN Introducción: La detección y cuantificación del genoma del virus de la hepatitis C (ARN-VHC), mediante la transcripción inversa-PCR en tiempo real (RT-qPCR), es vital para el diagnóstico y seguimiento del tratamiento antiviral de los pacientes con hepatitis C. Objetivo: Evaluar los indicadores de desempeño clínico como la especificidad, sensibilidad y reproducibilidad del ensayo SUMASIGNAL VHC, comercializado por el Centro de Inmunoensayo (Cuba), tomando como técnica de referencia la prueba Artus® HCV RG RT-qPCR. Métodos : Se empleó un panel conformado por 70 muestras de suero: 46 ARN-VHC positivas, 12 ARN-VHC negativas y 12 positivas a marcadores moleculares de otros virus. El coeficiente de correlación de Pearson (r) y la prueba de Bland-Altman, se utilizaron para comparar las cargas virales del VHC, obtenidas por las técnicas SUMASIGNAL VHC y la de referencia; las que fueron expresadas en logaritmo en base 10 (log10) UI/mL. Los valores de p< 0,05 se consideraron estadísticamente significativos. Resultados: La sensibilidad y especificidad clínica del SUMASIGNAL VHC fue 100 %; mientras que no se detectó reactividad cruzada con los otros virus evaluados. Se demostró que el ensayo en cuestión, tuvo una correlación buena (r= 0,89) y fuerte concordancia (media= -0,01 Log10 UI/mL) con la prueba de referencia (p< 0,0001). La reproducibilidad de la cuantificación del ARN-VHC en dos momentos diferentes, con la prueba SUMASIGNAL VHC mostró una correlación excelente (r= 0,97; p< 0,0001). Conclusiones: El ensayo SUMASIGNAL VHC proporciona datos válidos, reproducibles y técnicamente confiables para realizar el diagnóstico específico del VHC, incluso constituye una herramienta útil para monitorear la carga viral de este agente en el Sistema Nacional de Salud Cubano.

ABSTRACT Introduction: Detection and quantification of the hepatitis C virus genome (HCV RNA) by real time reverse transcription PCR (RT-qPCR) are vital for the diagnosis and antiviral treatment follow-up of hepatitis C patients. Objective: Evaluate the clinical performance of the SUMASIGNAL HCV assay for quantification of HCV viral load. Methods: A panel was formed with 70 serum samples: 46 HCV RNA positive, 12 HCV RNA negative and 12 positive for molecular markers of other viruses. Pearson's correlation coefficient (r) and the Bland-Altman plot were used to compare the HCV viral loads obtained by SUMASIGNAL HCV techniques with reference values, which were expressed as base 10 logarithm (log10) UI/ml. Values of p <0.05 were considered statistically significant. Results: The clinical sensitivity and specificity of SUMASIGNAL HVC were 100%, and no cross-reactivity was detected with the other viruses evaluated. The study assay exhibited a good correlation (r= 0.89) and strong concordance (mean= -0.01 Log10 UI/ml) with the reference test (p< 0.0001). Reproducibility of the HCV RNA quantification with the SUMASIGNAL HCV test at two different moments displayed an excellent correlation (r= 0.97; p< 0.0001). Conclusions: The SUMASIGNAL HVC assay provides valid, reproducible and technically reliable data for specific HCV diagnosis. It is also a useful tool to monitor the viral load of this agent in the Cuban National Health System.

Polimorfismos del gen de interleucina 10 y respuesta virológica sostenida en pacientes cubanos coinfectados con virus de hepatitis C y virus de inmunodeficiencia humana / Interleukin-10 gene polymorphisms and sustained virological response in Cuban patients coinfected with hepatitis C virus and human immunodeficiency virus

Introducción: En pacientes infectados con el virus de la hepatitis C se demostró que los polimorfismos de un simple nucleótido del gen de la interleucina 10 (IL10), influyen en la respuesta virológica sostenida al tratamiento con interferón y ribavirina, y en la inmunopatogénesis de la enfermedad. Objetivo: Determinar la frecuencia de los polimorfismos de un simple nucleótido de la región promotora del gen de la interleucina 10, según respuesta virológica sostenida y grado de lesión hepática. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, de corte transversal y se determinó la carga del virus de la hepatitis C por RT-PCR en tiempo real. Se estudiaron 25 pacientes cubanos con virus de inmunodeficiencia humana coinfectados con VHC, 24 semanas después del tratamiento con interferón y ribavirina. Para evaluar la variabilidad genética de la interleucina 10, los polimorfismos de un simple nucleótido se identificaron por secuenciación nucleotídica, -592 (A>C) y -819 (T>C). El grado de fibrosis hepática se calculó por el índice aspartato aminotransferasa/plaquetas. Resultados: El 44,0 por ciento (11/25) de los pacientes lograron respuesta virológica sostenida, y en el 56,0 por ciento (14/25) restante no se obtuvo esta. En los individuos en que se dio la respuesta predominaron los genotipos bajos productores de la interleucina 10, -592AA (36,3 por ciento vs. 21,4 por ciento) y -819TT (54,5 por ciento vs. 21,4 por ciento). En estos casos, el análisis de la frecuencia alélica mostró mayor frecuencia del alelo T para el SNP -819 (p= 0,0470). El índice aspartato aminotransferasa/plaquetas fue compatible con fibrosis hepática sin cirrosis en pacientes sin respuesta virológica sostenida, mientras que en los coinfectados que tuvieron respuesta indicó ausencia de lesión hepática. Conclusiones: Los resultados sugieren que las variantes de los polimorfismos de un simple nucleótido del gen de la interleucina 10 evaluados, podrían estar relacionados con la respuesta virológica sostenida y la patogénesis de la hepatitis C en los pacientes estudiados(AU)

Introduction: The study of patients infected with hepatitis C virus revealed that polymorphisms of a single nucleotide of the interleukin-10 (IL10) gene influence the sustained virological response to the treatment with interferon and ribavirin, and the immunopathogenesis of the disease. Objective: Determine the frequency of single-nucleotide polymorphisms from the interleukin-10 gene promoter region according to the sustained virological response and the degree of liver injury. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted and hepatitis C viral load was determined by RT-PCR. A sample of 25 Cuban HIV/HCV coinfected patients were studied 24 weeks after treatment with interferon and ribavirin. To evaluate the genetic variability of interleukin 10, the single-nucleotide polymorphisms were identified by nucleotide sequencing, -592 (A>C) and -819 (T>C). The degree of liver fibrosis was estimated by the aspartate aminotransferase / platelet index. Results: Of the patients studied, 44.0 percent (11/25) achieved a sustained virological response and 56.0 percent (14/25) did not. In individuals displaying the response, a predominance was found of low interleukin-10 producing genotypes, -592AA (36.3 percent vs. 21.4 percent) and -819TT (54.5 percent vs. 21.4 percent). In those cases, allele frequency analysis showed a greater allele T frequency for SNP -819 (p= 0.0470). The aspartate aminotransferase / platelet index was compatible with kidney fibrosis without cirrhosis in patients without a sustained virological response, and indicated an absence of liver injury in coinfected patients displaying a response. Conclusions: Results suggest that the variants evaluated of single-nucleotide polymorphisms of the interleukin-10 gene could be related to the sustained virological response and the pathogenesis of hepatitis C in the patients studied(AU)

Evaluación de una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real simple y rápida para la cuantificación del ADN del virus de la hepatitis B / Evaluation of a simple and fast real time polymerase chain reaction assay for quantification of hepatitis B virus DNA

Introducción: Los ensayos para cuantificar el ADN del virus de la hepatitis B (VHB) o carga viral son imprescindibles en el diagnóstico y en el seguimiento de los pacientes con hepatitis B crónica; de ahí que estén disponibles estuches diagnósticos para esta función. En el presente estudio se muestra la validación de SUMASIGNAL VHB (un paso), el cual es un sistema de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RCP-TR) para la cuantificación del genoma del VHB, propuesto por el Centro de Inmunoensayo. Objetivo: Evaluar el desempeño analítico de SUMASIGNAL VHB (un paso). Métodos: Se utilizó un panel de 80 muestras de suero bien caracterizadas y el Tercer Estándar Internacional de la OMS para las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos del virus de la hepatitis B. Se determinaron las características del ensayo como especificidad clínica, especificidad analítica (reactividad cruzada), rango lineal o linealidad y exactitud, precisión intraensayo y comparación con un ensayo de referencia. Resultados: La especificidad analítica y clínica fue del 100 por ciento. Al evaluar la linealidad y exactitud con un estándar de referencia de la OMS, se obtuvo que la totalidad de las diferencias entre los Log10 del valor obtenido y el de referencia resultaron inferiores a 0,5 Log10 (r= 0,9977 y r2= 0,9954). Además, se obtuvieron bajos coeficientes de variación intraensayo. La evaluación comparativa con el estuche comercial Artus HBV RG PCR kit mostró una correlación fuerte (r= 0,8882). Conclusiones: SUMASIGNAL VHB (un paso) es un ensayo fácil de realizar manualmente, es rápido e incluye reactivos de extracción de ácidos nucleicos. Teniendo en cuenta la validez del método para el uso previsto, puede ser recomendado para su introducción en el diagnóstico, la vigilancia y la indicación de tratamiento en los pacientes con hepatitis B crónica(AU)

Introduction: Assays to quantify hepatitis B virus (HBV) DNA or viral load are indispensable for the diagnosis and follow-up of patients with chronic hepatitis B, hence the availability of diagnostic kits for this purpose. The present study deals with the validation of HBV SUMASIGNAL (one step), a real time polymerase chain reaction (RT-PCR) system for quantification of the HBV genome proposed by the Immunoassay Center. Objective: Evaluate the analytical performance of HBV SUMASIGNAL (one step). Methods: Use was made of a panel of 80 well characterized serum samples and the Third WHO International Standard for hepatitis B virus nucleic acid amplification techniques. Determination was performed of assay characteristics such as clinical specificity, analytical specificity (cross-reactivity), linear range or linearity and accuracy, intra-assay precision and comparison with a reference assay. Results: Analytical and clinical specificity was 100 percent. Evaluation of linearity and accuracy with a WHO reference standard revealed that all the differences between the log10 of the value obtained and the reference value were lower than 0.5 log10 (r= 0.9977 and r2= 0.9954). The intra-assay variation coefficients obtained were low. Comparative evaluation with the commercial Artus HBV RG PCR kit showed a strong correlation (r= 0.8882). Conclusions: The assay HBV SUMASIGNAL (one step) is easy to conduct manually, fast and includes reagents for nucleic acid extraction. Based on the validity of the method for the use in mind, it may be recommended for incorporation into the diagnosis, surveillance and treatment of patients with chronic hepatitis B(AU)